Há uma grande polêmica envolvendo o uso de animais em pesquisas científicas sejam eles silvestres, domésticos ou não. O ponto principal dessa discussão é o bem estar do animal que está sendo usado como objeto de estudo.
A maior de todas as polêmicas é quando o animal é submetido a algum tipo de dano físico (mutilação e/ou doença), psicológico e/ou qualquer experimento que deixe sequelas; e também quando deve-se realizar a eutanásia do mesmo.
Algumas pesquisas científicas envolvendo silvestres são extremamente necessárias pois visam o controle e conhecimento de zoonoses emergentes. Outras são meramente para identificação, reprodução e/ou evolução de espécies.
Nem todas as pesquisas científicas envolvendo silvestres causam algum tipo de dano ou sequela ao animal.
Outra polêmica é sobre o mantimento desses animais em cativeiro no ambiente de pesquisa, pois nem sempre é possível que sejam devolvidos à natureza. Algumas pesquisas ocorrem no habitat natural dos animais. Geralmente o animal é capturado por alguns instantes até que seja colhido material para pesquisa (sangue, pêlos, etc); é fotografado, microchipado ou não e então é devolvido para a natureza.
Essa é uma clássica questão ética do cotidiano de diversos pesquisadores.
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